1949 年秋,吴大猷原计划回国,由于国内形势变化,加上加拿大国家科学院的改革政策需要加强基础科学研究,吴大猷受其恳诚之托,主持理论物理方面的研究工作,并担任加拿大国家科学院理论物理部主任。吴大猷任职期间,积极组织学术活动,邀请许多著名物理学家来做报告,如 P. A. M. 狄拉克、汤川秀树、N. F. 莫特、G. 加莫夫,并且亲自就新理论做解释性和系统性的演讲,推动了加拿大国家科学院的理论物理研究的发展,于 1957 年当选为加拿大皇家学会会员。吴大猷在加拿大国家科学院的任期长达 14 年,他曾于 1956 年赴台湾大学和新竹清华大学任客座教授 5 个月。