自从 700 年前黑死病杀死了欧洲三分之一到一半的人以来,研究人员一直想知道这种致命的瘟疫是如何在幸存者身上留下印记的。这种毁灭性的大流行病一定是一种强大的选择性力量,“偏袒”具有特效免疫防御的人。今年,研究人员利用研究古代 DNA 的工具来观察在瘟疫期间生活和死亡的人的免疫基因差异,并确定了一个戏剧性的影响。
研究小组分析了伦敦和丹麦黑死病之前、期间和之后埋葬的 500 多人的骨骼中的古代 DNA 。今年 10 月,他们在《自然》杂志上报道称,幸存者更有可能携带增强他们对鼠疫耶尔森氏菌(Yersinia pestis)免疫反应的基因变异。鼠疫耶尔森氏菌是一种由跳蚤传播的细菌,会引起鼠疫。
直到最近,DNA 的保质期被确定为大约 100 万年。比这更古老的遗传物质可能因为退化得太严重而无法被读取。然而在今年,科学家们把时钟拨到了更古老的从前,他们在北极沙漠的冻土中成功提取了至少 200 万年前的微小 DNA 片段。
这项研究被誉为杰作,展示了环境 DNA 在重建“消失的世界”方面的力量。在这种情况下,一个不同于当今任何现存的沿海森林,在格陵兰岛北部的温暖气候时期繁荣昌盛。从堆积在峡湾口的一层厚厚的沉积物中提取的 41 个富含有机物的样本中的 DNA 片段显示,那里有茂密的杨树、崖柏属和其他针叶树,还有黑鹅和马蹄蟹,以及驯鹿、旅鼠和乳齿象等哺乳动物。在此前,没有人预料到这种已经灭绝的大象亲戚的活动范围会向北延伸到那么远的地方……
2013 年,当时在美国国家过敏与传染病研究所工作的 Barney Graham 及其同事取得的一项关键进展,使得新疫苗避免了这一问题。疫苗中使用的一种病毒表面蛋白在与细胞受体对接后改变形状,病毒与细胞融合,形成感染。目前在莫尔豪斯医学院工作的 Graham 领导的研究小组找到了将蛋白质锁定在预融合状态的方法。因此,接种疫苗会引发更高水平的强效抗体。
机器学习在科学、数学以及编程上也展现了其创造才能。《科学》杂志 2021 年的年度科学突破奖表彰了人工智能通过氨基酸序列预测蛋白质三维结构的工作。在此基础上,研究人员现已利用人工智能设计出全新的蛋白质,用于疫苗、建材、纳米机械等不同领域。一种被称为“幻觉法(hallucination)”的技术从随机的序列开始,引入突变,再利用 AI 工具预测哪些序列能够折叠成稳定的蛋白质结构。